El CRAI disposa de dos importants fons cartogràfics ubicats en dues de les seves biblioteques:
La cartoteca de la Biblioteca de Geologia està especialitzada en ciències de la terra i el seu fons el formen aproximadament 10.000 mapes (de tot el món, però especialment de Catalunya i de la Península Ibèrica) i 14.000 fotografies aèries de Catalunya i Aragó.
Es troba ubicada a la Biblioteca de Filosofia, Geografia i Història, i conté material cartogràfic de totes les disciplines relacionades amb el món de la geografia.