L'Herbari és una de les Seccions del CeDocBiV i és reconegut internacionalment amb les sigles BCN. El seu Director es el Dr. Julià Molero, del Dept. de Productes Natural, Biologia Vegetal i Edafologia de la Facultat de Farmàcia de la Universitat de Barcelona.

Aquest herbari prové de la fusió dels antics herbaris de la Divisió de Ciències Experimentals i Matemàtiques (antigament BCC) i de la Facultat de Farmàcia (antigament BCF), de manera que la majoria dels materials que conserva estan directament relacionats amb la recerca que s'ha dut a terme en aquests departaments. Una altra font d'entrada d'espècimens a l'herbari és l'activitat d'intercanvi que es manté amb altres herbaris del món.

Actualment l'herbari allotja uns 300.000 espècimens, majoritàriament provinents dels Països Catalans, però també de la resta de la península Ibèrica, del Nord d'Àfrica i d'algunes àrees tropicals sudamericanes. És el tercer herbari més gran de la península Ibèrica i un dels més diversos, ja que pel seu origen reuneix una important representació de tots els grans grups de vegetals: algues, briòfits, cormòfits, fongs i líquens.

Les mostres de cadascun d'aquests grans grups constitueixen una Unitat de Documentació o col·lecció, cadascuna de les quals té un conservador propi que té cura de la correcta conservació i ordenació dels materials.

La consulta dels materials de l'herbari es pot fer en el mateix centre o bé sol·licitant-los en préstec durant un període de sis mesos. La normativa de funcionament del CeDocBiV regeix les condicions en què s'han de mantenir les diferents col·leccions i les normes que regulen la seva consulta i préstec.

Cada una de les Unitats de Documentació porta associada una base de dades que recull la informació de les etiquetes que acompanyen a les mostres. El procés d'informatització d'aquestes dades es troba en una fase més o menys avançada segons la col·lecció. Aquestes dades ja es poden consultar a través de la pàgina de la secció de bases de dades

Darrerament s'ha iniciat el procés de digitalització de mostres, fonamentalment els exemplars tipus i diverses col·leccions relacionades amb la conservació de la biodiversitat. Aquesta col·lecció d'imatges constitueix l'herbari virtual, que ja es pot consultar per internet.